L'ACIA gère un programme national de surveillance microbiologique. Ce programme comprend la sélection aléatoire et l'analyse d'échantillons pour un large éventail de produits canadiens et importés. Les analyses sont effectuées chaque année pour surveiller le degré de contamination microbiologique dans l'approvisionnement alimentaire. Des analyses sont effectuées à l'égard de divers agents pathogènes à risque élevé, notamment les bactéries E. coli, Listeria monocytogenes, Salmonella et Shigella.
Le Plan d'action pour assurer la sécurité des produits alimentaires (PAASPA) soutient les efforts continus qui sont déployés au sein de l'ACIA en vue de tirer parti du système d'assurance de la salubrité des aliments actuel et de le renforcer ultérieurement. Les initiatives du PAASPA permettent à l'ACIA d'intervenir rapidement et efficacement en cas de problèmes liés à la salubrité des aliments, ainsi que de cerner plus tôt les risques possibles. Lors des études ciblées du PAASPA, l'ACIA procède à des analyses de dépistage de divers agents pathogènes dans les aliments jugés comme posant les plus grands risques pour la santé. Ces études portent principalement sur les domaines qui ne sont pas visés par les activités de surveillance courantes de l'ACIA
Les rapports antérieurs publiés sont disponibles dans les archives maintenues par Bibliothèque et Archives Canada.L'ACIA inspecte, échantillonne et analyse les produits alimentaires pouvant présenter des risques pour la santé. Les échantillons sont analysés selon les normes relatives à la salubrité des aliments établies par Santé Canada et diverses organisations internationales, telles que la Commission du Codex Alimentarius. Lorsque l'ACIA trouve des aliments et des ingrédients qui ne sont pas conformes à ces normes, elle prend des mesures correctives, entre autres :
Grâce aux renseignements obtenus à la lumière des analyses, l'ACIA peut déterminer les tendances, ce qui lui permet de concentrer ses activités dans les domaines à risque élevé dans le marché alimentaire canadien. Ces renseignements aident également l'ACIA à :