Le programme actuel actuel de lutte contre l'AIE comporte deux volets. Dans le premier volet, les propriétaires acquittent volontairement des frais pour soumettre leurs chevaux au dépistage lorsque l'industrie en fait la demande (p. ex. transport vers une exposition, un point de vente, etc.). Les analyses sont effectuées par des vétérinaires en pratique privée et par des laboratoires privés accrédités par l'ACIA. Le second volet du programme relève de l'ACIA; il s'agit de l'obligation d'intervention.
Chaque fois qu'un cas d'AIE est découvert, il doit être signalé à l'ACIA et des mesures doivent être mises en oeuvre pour lutter contre la maladie. On déclare alors infectée, l'exploitation où se trouve le sujet positif, et tous les animaux susceptibles d'être atteints doivent obtenir des résultats négatifs avant de pouvoir quitter l'exploitation concernée. Les chevaux qui sont entrés en contact avec un sujet positif dans les 30 jours suivant la date du test sont également soumis au dépistage. Lorsque les résultats sont positifs, les chevaux sont soumis à de nouvelles analyses et les sujets positifs qui présentent des signes cliniques doivent être euthanasiés. Les propriétaires de chevaux asymptomatiques dont l'infection est confirmée doivent choisir entre une mise en quarantaine permanente ou l'euthanasie. Dans ce dernier cas, l'ACIA ordonne l'élimination des chevaux et indemnise les propriétaires (indemnité maximale à 2 000 $ par cheval)
Les laboratoires accrédités facturent un supplément de 2 $ aux propriétaires pour chaque animal faisant l'objet d'un dépistage, de façon à compenser les coûts associés à l'obligation d'intervention imposée par l'ACIA. Bien que ce montant puisse, certaines années, couvrir les coûts associés à l'indemnisation, il ne couvre pas les frais de main-d'oeuvre et d'exploitation de l'ACIA. L'Agence fournit ses services à l'industrie à titre de gracieux.
La participation au programme se fait sur une base volontaire et tous les éléments du programme ont été élaborés de concert avec l'industrie. Le programme repose sur des normes de lutte reconnues à l'échelle internationale, sur les connaissances actuelles à l'égard de l'AIE et sur les méthodes de diagnostic existantes. Comme il n'existe ni traitement ni vaccin efficace contre l'AIE, les mesures prises pour lutter contre la maladie consistent à dépister et à éliminer les sujets positifs, y compris des porteurs asymptomatiques. Le test de Coggins fait partie intégrante du programme de lutte de l'ACIA.