Comme dans le cas du Plan HACCP, deux types de documents constituent des composantes du Plan PGQ les « documents ou documentation » et les « registres ». Les documents sont conservés à titre de dossier de l'élaboration d'un Plan PGQ, tandis que les registres résultent de la mise en oeuvre du Plan PGQ.
Il est important d'établir un équilibre entre le volume des registres tenus, les besoins réels de l'organisation et les ressources disponibles pour appliquer le système. La création, l'utilisation et la tenue de registres devraient suffire à montrer que le système a été élaboré correctement. Les registres prouvent aussi que le plan est mis en oeuvre tel que rédigé et peut faire ressortir des tendances permettant d'identifier un problème. La tenue de registres associés à toutes les activités de vérification et à leurs résultats est obligatoire. Les registres des changements ou des modifications au Plan PGQ doivent aussi être tenus.
Pour les Programmes préalables et les Plans PIR, la tenue de registres peut s'effectuer sous forme de « consignation d'exception », ce qui veut dire que des registres ne sont nécessaires que lorsqu'un écart est constaté pendant la procédure de surveillance. En ce qui concerne le plan HACCP, la tenue de registres est obligatoire pour toutes les analyses, les mesures et la surveillance des CCP ainsi que pour les mesures correctives lorsque les limites critiques sont dépassées.
Il est recommandé au transformateur de bien faire comprendre à ses employés la raison pour laquelle ils tiennent des registres, à quel moment ils doivent le faire et comment ils doivent les compléter précisément. Celui-ci doit aussi vérifier régulièrement les registres pour s'assurer que ceux-ci sont à jour et exacts. Ces étapes permettront d'accroître l'efficacité de la tenue des registres dans les établissements.
Les registres doivent être à jour, lisibles, facilement identifiables et accessibles. L'endroit où sont situés tous les dossiers et registres concernant le Plan PGQ doit être identifié. Les registres doivent être conservés pendant au moins 36 mois et même pour une période plus longue si elle est pertinente à la durée de conservation des produits, comme dans le cas du poisson en conserve.