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Nos chères pommes de terre canadiennes : l'ACIA assure leur protection

Quoi de plus délicieux que des frites maison? Ajoutez-y du fromage en grains et de la sauce brune et vous avez tout ce qu'il vous faut pour concocter un plat typiquement canadien, la poutine! Les façons d'apprêter les pommes de terre ne s'arrêtent pas là – pommes de terre en purée, pommes de terre en robe des champs, croustilles. Pour de nombreuses personnes, ces variations sur un même thème sont autant de délices !

Devant une offre de près de 400 variétés de pommes de terre de semence enregistrées au Canada, chacun peut certainement trouver ce dont il a besoin pour préparer son plat favori. Plus qu'un simple plaisir gustatif, la pomme de terre compte pour une large part de l'économie canadienne, et pas seulement celle qui pousse à l'Île-du-Prince-Édouard ! Les pommes de terre sont la première production légumière au Canada, comptant pour près de 30 pour cent des recettes qui sont enregistrées dans les cultures légumières, pour une valeur de plus de 1,2 milliard de dollars en 2016.Note de bas de page 1 Il ne faut pas sous-estimer l'importance de la pomme de terre et l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) prend très au sérieux la protection de cette culture. En matière de sécurité publique, la protection des végétaux n'est peut-être pas le premier domaine qui vienne à l'esprit, mais plusieurs phytopathogènes ont le potentiel de causer des catastrophes économiques au Canada.

Grâce à un sens poussé de l'observation et à des compétences scientifiques pointues, une équipe de scientifiques de l'ACIA s'est mobilisée pour trouver l'origine d'un incident qui a commencé dans un marché frais.

En effet, tout a commencé dans les rues animées de Toronto. Un inspecteur de l'ACIA a ramassé quelques boîtes de pommes de terre vendues dans un marché local. Les tubercules interceptés provenaient du Bangladesh et avaient une apparence douteuse. Ils ont été expédiés au laboratoire de Charlottetown où travaillent des spécialistes des bactéries, des virus, des nématodes et des champignons. Et ces experts se sont immédiatement mis à pied d'œuvre! Ils ont procédé à des analyses de routine sur des échantillons de ces tubercules mystérieux afin de dépister des maladies et ils ont effectué les tests normaux qui sont menés dans le cadre du programme de quarantaine post-entrée par lequel doivent passer les produits de pommes de terre importés au Canada.

Au laboratoire de Charlottetown, des méthodes moléculaires ultramodernes sont utilisées pour effectuer les tests diagnostiques. Dans ce cas-ci, la bactérie Ralstonia solanacearum race 3 biovar2 (R3b2) a été détectée. Cette bactérie est un grave pathogène qui cause le flétrissement de nombreuses plantes cultivées, dont la pomme de terre. Bien que cette bactérie soit inoffensive pour les personnes et les animaux, c'est l'une des bactéries les plus envahissantes et destructives au monde. Elle présente un haut risque phytosanitaire. La souche R3b2 est l'agent causal du flétrissement bactérien de la pomme de terre. Bien qu'absent ici, cet organisme nuisible est réglementé au Canada et dans nombre d'autres pays. Il figure même parmi la liste des agents présentant un risque grave dans la Loi américaine de 2002 sur le bioterrorisme (US 2002 Bioterrorism Act). Advenant son établissement au Canada, cet organisme nuisible envahissant pourrait dévaster les cultures de pommes de terre. C'est la raison pour laquelle les scientifiques du laboratoire de Charlottetown font appel à la biologie moléculaire moderne et à de multiples analyses pour dépister la présence du pathogène destructeur R3b2 dans les pommes de terre.

Par ailleurs, les pommes de terre saisies au marché ont été plantées dans une enceinte isolée au laboratoire pour obtenir plus de tissu végétal pour une extraction d'ARN (acide ribonucléique). Tout comme l'ADN, l'ARN est un matériel génétique qui est présent dans toute cellule vivante. Après la germination des tubercules, l'ARN des tissus a été recueilli et soumis à des tests plus complexes, notamment au séquençage à haut débit, une technique qui permet d'analyser rapidement l'ADN et l'ARN d'un échantillon. Cette analyse moléculaire permet d'identifier et de classifier tous les virus qui peuvent être présents dans ces tubercules. Plus de 300 millions de lectures ont été obtenues et comparées à d'autres données de séquençage du génome de la pomme de terre. Comme de nombreuses lectures obtenues étaient inconnues, il a fallu faire des validations au moyen d'analyses plus complexes, puis comparer les résultats avec l'ensemble des séquences connues qui sont contenues dans la base de données de référence internationale GenBank at the National Centre for Biotechnology Information (NCBI) (site en anglais seulement). Après que les résultats finaux aient révélé la nature précise des virus présents dans les tubercules, les pommes de terre vendues dans ce marché de Toronto ont été saisies et détruites afin de protéger l'industrie canadienne de la pomme de terre.

Grâce à la diligence du personnel de l'ACIA, des cas comme celui-ci, bien que rares au Canada, peuvent être détectés. Le laboratoire de Charlottetown a des équipes de diagnosticiens hautement qualifiés qui peuvent effectuer tous les types d'analyses. Les scientifiques du laboratoire possèdent de vastes connaissances et ont à leur disposition des technologies de pointe, notamment de l'équipement permettant de faire du séquençage à haut débit, pour identifier la nature précise des diverses espèces d'agents pathogènes. Grâce à leur travail collaboratif, les inspecteurs, les diagnosticiens, les scientifiques et les autres membres du personnel de l'ACIA veillent au quotidien à la protection des plantes, des animaux, des aliments et de l'environnement au Canada, pour le bien de toute sa population.

Pour en savoir plus sur le travail des scientifiques de l'ACIA, suivez le blogue Cultiver la science.

Apprenez-en davantage sur les activités du Laboratoire de Charlottetown et des autres laboratoires de l'ACIA.

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