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Rapport d'enquête sur l'éclosion d'influenza aviaire H5N2 en Ontario, 2015
3. Aperçu de l'éclosion

3.1 Détection initiale

Le 3 avril 2015, des échantillons du lieu infecté 1 ont été transmis au laboratoire de santé animale (LSA) provincial, à Guelph en Ontario, par un vétérinaire privé.  Le responsable de l'exploitation agricole avait appelé le vétérinaire pour déterminer la cause d'une hausse de la mortalité dans l'une des granges (constatée pour la première fois le 1er avril 2015), qui contenait les oiseaux les plus âgés. Le 5 avril 2015, le LSA a déclaré avoir détecté une IADO de type H5 dans les échantillons soumis. Les échantillons ont ensuite été transmis au Centre national des maladies animales exotiques (CNMAE) de l'ACIA, à Winnipeg au Manitoba, qui a confirmé le 8 avril 2015 que le virus était bien H5N2.

3.2 Résultats du lieu contaminé no 1

Le premier lieu contaminé est un élevage de dindes à viande situé près de Woodstock, en Ontario. L'installation comporte quatre granges où vivent des oiseaux à plusieurs stades de la production, âgés de 6,5 à 16,5 semaines. Chaque grange contenait au départ de 10 000 à 12 000 oiseaux; tous étaient âgés d'environ six semaines et avaient été obtenus auprès d'une poussinière située à proximité. Tous les oiseaux de l'installation étaient destinés directement à l'abattage, et tous étaient obtenus de la même poussinière.

Tel qu'il a été indiqué précédemment, des quatre granges de l'installation, c'est dans la première (G1) que l'on a observé une hausse de la mortalité : seuls 4 500 oiseaux étaient toujours en vie, sur les 9 900 qui s'y trouvaient au départ. Les oiseaux des granges 2, 3 et 4, âgés respectivement de 14,5, 8,5 et 6,5 semaines, n'ont pas connu de hausse suspecte de la mortalité.

Une enquête épidémiologique approfondie a déterminé un lieu à risque élevé, soit la grange de l'éleveur de poussins qui fournissait des dindes au lieu contaminé no 1. Le directeur de cette exploitation était de la famille des directeurs du lieu contaminé no 1, et apportait parfois de l'aide au lieu contaminé no 1. L'exploitation a donc été mise en quarantaine et surveillée pendant 21 jours (trois périodes d'incubation virale) à la suite du dernier contact entre les deux lieux. Aucun signe d'infection n'a été détecté durant cette période.

La source d'infection la plus probable est une infraction à la biosécurité. Le personnel de l'ACIA sur place a signalé un nombre important de petits rongeurs dans les granges, ainsi qu'au moins sept oiseaux sauvages dans l'une des granges après l'élimination des oiseaux d'élevage. Des oiseaux d'eau sauvages se trouvaient également sur la propriété lors des semaines précédant l'infection.

3.3 Résultats du lieu contaminé no 2

Le lieu contaminé no 2 était un reproducteur d'oiseaux à griller situé à environ 38 km du lieu contaminé no 1, et donc hors de la zone de contrôle de 10 km. À la suite d'une hausse de la mortalité dans l'une des granges, un vétérinaire privé a tout d'abord transmis des échantillons au LSA, le 17 avril 2015. La détection du type H5 a été signalée à l'ACIA le 18 avril 2015. Le Centre national des maladies animales exotiques (CNMAE) de l'ACIA a confirmé la présence du virus H5N2 le 19 avril 2015.

L'installation était composée de deux granges interconnectées, chacune abritant de 12 000 à 13 000 oiseaux. Les oiseaux étaient maintenus à une proportion de 90 p. cent de poules contre 10 p. cent de coqs, et tous étaient âgés d'environ 29 semaines.

Une enquête épidémiologique approfondie n'a relevé aucun lien entre le lieu contaminé no 1 et le lieu contaminé no 2.

On estime que le lieu contaminé no 2 a, lui aussi, été infecté en raison d'une infraction à la biosécurité, mais les preuves ne sont pas aussi solides que pour le lieu contaminé no 1. Outre la direction de l'établissement, cinq employés y travaillaient. Tous ont été interrogés et ont fait état de bonnes pratiques de biosécurité (lavage des bottes, changement des vêtements). Des oiseaux sauvages ont été observés sur un tas de compost entre les granges, mais aucun rongeur ou oiseau sauvage n'a été signalé à l'intérieur des granges; on ne peut donc pas confirmer qu'ils sont la source de l'infection.

Le vétérinaire privé qui a prélevé et soumis les premiers échantillons avait effectué des diagnostics post-mortem initiaux à sa clinique. La clinique a été mise en quarantaine, en attente d'une désinfection et d'un nettoyage appropriés. Deux bandes d'oiseaux à griller ayant été visitées par le vétérinaire après ses autopsies ont également été mises en quarantaine. La quarantaine de ces oiseaux a été levée lorsque l'échantillonnage n'a relevé aucune contamination.

3.4 Résultats du lieu contaminé no 3

Le 23 avril 2015, un reproducteur de dindes qui connaissait un taux relatif de mortalité élevé dans l'une de ses granges a communiqué avec l'ACIA. Le personnel de l'ACIA a prélevé des échantillons et les a envoyés au LSA. Le jour même, le LSA a annoncé la détection d'un virus H5. Les résultats confirmant la présence du H5N2 ont été annoncés par le CNMAE le 25 avril 2015. Le lieu contaminé no 3 est situé à proximité du lieu contaminé no 2; environ 600 mètres séparent les granges les plus proches de ces deux établissements.

Cette exploitation comptait environ 8 000 dindes de reproduction, réparties en quatre granges. Les granges 1 et 2 étaient situées près de la route, tandis que les granges 3 et 4 se trouvaient à environ 400 mètres en retrait. En raison de la nature de la production, des oiseaux d'âge divers habitaient dans les granges.

Étant donné la nature et la valeur des oiseaux au lieu contaminé no 3, et l'incapacité d'un établissement de génétique à utiliser un cycle de production par renouvellement intégral, un protocole de biosécurité extrêmement strict a été établi. Le site comptait un nombre relativement important d'employés (environ 20); tous travaillaient uniquement à cet endroit.

La source d'infection la plus probable de cet endroit est le lieu contaminé no 2, par transmission aérienne. Rappelons que les deux propriétés sont séparées par environ 600 m. Les stations météorologiques locales (London et Woodstock, Ontario) indiquaient au moment des faits un fort vent en direction sud-est, ce qui appuie la thèse de la contamination du lieu contaminé no 3 par le vent soufflant du lieu contaminé no 2 – une observation partagée par le personnel de l'ACIA relativement au lieu contaminé no 2, le 18 avril 2015 (cinq jours avant l'apparition des symptômes au lieu contaminé no 3). Cette thèse est également soutenue par la manière dont l'infection est apparue : les oiseaux de la grange située le plus près du lieu contaminé no 2 ont été les premiers à manifester des symptômes. Une analyse plus approfondie du CNMAE de l'ACIA a confirmé que le virus du lieu contaminé no 2 et celui du lieu contaminé no 3 partageaient un plus grand degré d'homologie que les virus de ces deux endroits et celui du lieu contaminé no 1. Toutes ces souches demeurent néanmoins très homologues, et on croit que seule une mutation aléatoire explique les variations d'un lieu à l'autre. Il est moins probable que l'infection soit due à une infraction à la biosécurité, en raison du protocole de biosécurité très strict de ces endroits et de la proximité temporelle et géographique entre les lieux contaminés no 2 et no 3.

3.5 Résultats du laboratoire

Le séquençage du virus H5N2 contenu dans les échantillons de volaille des installations infectées, et l'analyse des résultats, ont indiqué qu'il s'agissait d'un virus réassorti. Le génome de tous les virus de l'influenza A comprend huit segments de gènes ARN, dont les gènes hémagglutinine (H) et neuraminidase (N); H est le principal segment de gène qui détermine la pathogénicité. L'analyse de la séquence permet de diviser globalement les virus d'influenza aviaire en deux lignées : la lignée eurasienne (Europe et Asie) et la lignée nord-américaine. Le nouveau virus H5N2 détecté en Colombie-Britannique contient cinq des huit segments de gènes du virus eurasien H5N8 hautement pathogène, y compris le gène H5, et trois des huit segments des virus nord-américains typiques, dont le gène N2 (originaire des oiseaux sauvages). C'est la première fois qu'un virus d'influenza aviaire hautement pathogène de lignée eurasienne H5 est la cause d'éclosions d'influenza aviaire chez les volailles domestiques en Amérique du Nord. De plus, il semble que ce virus réassorti constitué de segments des virus d'influenza aviaire eurasiens et nord-américains n'a jamais été observé auparavant, bien que chacun des huit segments de gènes ait été identifié en Europe, en Asie ou en Amérique du Nord.

3.6 Conclusion de l'éclosion et surveillance postéclosion

Après l'élimination des oiseaux de chaque lieu contaminé, leurs carcasses, leurs produits et leurs sous-produits ont été compostés sur place pour désactiver le virus par un traitement thermique biologique (TTB). Les granges ont été nettoyées, désinfectées et soumises à une période d'inactivité de 21 jours. Le nettoyage et la désinfection ont été approuvés pour les lieux contaminés no 1 et no 3 le 29 juin 2015, et pour le lieu contaminé no 2 le 8 juillet 2015. La période de surveillance postéclosion a débuté le 8 juillet 2015 et s'est conclue le 8 octobre 2015.

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